Lorsqu’un salarié est confronté à une maladie non professionnelle, la question de l’indemnisation durant l’arrêt de travail se pose avec une acuité particulière. Cette situation, fréquente mais souvent mal comprise, engage à la fois des règles précises de la Sécurité sociale et des dispositifs parfois complexes liés à la durée et à la nature de la maladie. En France, l’indemnisation des arrêts de travail repose essentiellement sur des allocations spécifiques versées par la Caisse primaire d’Assurance maladie (CPAM), avec des conditions d’éligibilité rigoureuses et des montants strictement encadrés. Selon que la maladie soit de courte durée ou qu’il s’agisse d’une affection longue durée (ALD), les modalités d’indemnisation varient. Ce système, fruit d’une longue tradition sociale, vise à compenser la perte de revenu tout en accompagnant le salarié pendant sa période de convalescence. Pourtant, les délais de carence, les plafonnements, les conditions de travail antérieures et les obligations administratives imposées peuvent compliquer l’accès à ces droits. À cela s’ajoutent les spécificités du régime des fonctionnaires et les dispositifs complémentaires de prévoyance, qui offrent des prestations additionnelles mais avec des règles différentes. Ainsi, bien comprendre les mécanismes d’indemnisation, la durée d’indemnisation autorisée, les démarches à entreprendre, ainsi que les possibilités d’une indemnité complémentaire de l’employeur, est crucial pour assurer une prise en charge optimale lors d’un arrêt maladie non professionnel.
Conditions d’éligibilité aux indemnités journalières en cas d’arrêt de travail pour maladie non professionnelle
La perception d’indemnités journalières (IJ) lors d’un arrêt de travail pour maladie non professionnelle dépend avant tout de conditions administratives et professionnelles strictes. Ces règles encadrent l’octroi des prestations sociales afin de garantir que les salariés concernés bénéficient d’une compensation financière durant leur indisponibilité. La Sécurité sociale du régime général est l’interlocuteur principal dans cette démarche.
Pour bénéficier des indemnités journalières, plusieurs critères majeurs doivent être remplis selon la durée de l’arrêt :
- Arrêts maladie inférieurs ou égaux à 6 mois : Le salarié doit justifier d’au moins 150 heures de travail au cours des trois mois précédant l’arrêt, ou avoir perçu un salaire équivalant à 1 015 fois le montant du Smic horaire en vigueur au début de la période de référence, ce qui représente environ 12 200 € bruts en 2026 sur une période de six mois civils.
- Arrêts maladie de longue durée (supérieurs à 6 mois) : L’assuré doit être affilié depuis au moins 12 mois à la Sécurité sociale, avoir travaillé un minimum de 600 heures sur l’année précédant l’arrêt ou justifier d’un salaire totalisant 2 030 fois le Smic horaire, soit environ 24 400 € bruts sur les 12 mois précédents.
Le caractère non professionnel de la maladie impose également le respect d’un formalisme strict : l’arrêt de travail doit être prescrit par un médecin avec un formulaire certifié (cerfa sécurisé). Un arrêt non formalisé correctement peut entraîner un rejet par la CPAM, privant le salarié de ses indemnités. La communication rapide est essentielle : l’employeur doit être informé dans les 24 heures, et la déclaration à la caisse d’Assurance maladie dans les 48 heures suivant l’arrêt.
Un élément déterminant du système est le délai de carence, qui s’élève à trois jours. Cela signifie que les indemnités journalières ne sont pas versées pour les trois premiers jours d’arrêt. Certaines conventions collectives peuvent toutefois abolir ce délai, permettant un versement immédiat.
| Condition | Arrêts ≤ 6 mois | Arrêts > 6 mois (longue durée) |
|---|---|---|
| Durée minimale d’affiliation à la Sécurité sociale | Pas exigée spécifiquement | Au moins 12 mois |
| Heures de travail au cours de la période de référence | 150 heures sur 3 mois | 600 heures sur 12 mois |
| Salaire minimal sur période | 1 015 fois le Smic horaire | 2 030 fois le Smic horaire |
| délai de carence | 3 jours (variable selon conventions collectives) | 3 jours (variable selon conventions collectives) |
De façon concrète, un salarié qui travaille 160 heures au cours de son dernier trimestre avant un arrêt maladie de 4 mois est donc éligible aux IJ, sous réserve de respecter les formalités administratives. En revanche, un salarié nouvellement embauché n’ayant pas atteint ces seuils ne pourra percevoir que des indemnités sous d’autres conditions spécifiques ou, dans certains cas, aucun versement.
L’ensemble de ces règles vise à assurer une équité dans l’accès aux prestations, tout en limitant les abus. Elles obligent les salariés à une organisation rigoureuse de leurs démarches et confirment l’importance du certificat médical comme pièce maîtresse du dispositif social.
Montants et durée d’indemnisation des arrêts maladie dans le cadre du régime général de la Sécurité sociale
Une fois les conditions d’éligibilité remplies, la question clé pour le salarié reste celle du montant et de la durée des indemnités journalières (IJ) versées par la Sécurité sociale. Le calcul est nettement encadré afin de garantir une juste compensation, tout en limitant l’impact financier du régime.
Calcul du montant des indemnités journalières en 2025-2026
Le montant des IJ est fixé à 50 % du salaire moyen brut journalier perçu lors des trois mois précédant l’arrêt de travail. Le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le Smic mensuel, soit environ 2 552 € bruts en 2026, ce qui limite les revenus élevés. Il faut noter que pour les arrêts débutant avant le 1er avril 2025, ce plafond était plus élevé (1,8 fois le Smic mensuel), et donc les montants d’indemnisation plus importants.
Ce calcul s’adapte aussi à certaines situations particulières, notamment si le salarié a travaillé de façon discontinue ou a débuté son activité récemment. Dans ce cas, le total des revenus perçus est divisé par le nombre de jours calendaires réellement travaillés pour neutraliser les périodes non travaillées légitimement.
Durée d’indemnisation et plafonnement des prestations sociales
La Sécurité sociale limite la durée d’indemnisation des arrêts maladie à 360 jours sur une période de trois ans, regroupant tous les arrêts survenus durant cette période. Ce plafond est indépendant du nombre de reprises ou renouvellements d’arrêts. Au-delà, aucune indemnisation ne sera versée pour la maladie non professionnelle, sauf exceptions liées aux affections de longue durée.
Pour les salariés concernés par une Affection de Longue Durée (ALD), la prise en charge est plus favorable :
- Les IJ peuvent être versées pendant jusqu’à 3 ans par périodes renouvelables.
- Un suivi médical rigoureux permet la reconnaissance de ce statut d’ALD, permettant la prise en charge à 100 % des frais médicaux associés.
- Les IJ liées à une ALD ne sont pas soumises à l’impôt sur le revenu.
Après la période maximale d’indemnisation en ALD, si l’assuré présente une incapacité réduisant sa capacité de travail d’au moins deux tiers, il peut être reconnu en invalidité et bénéficier d’une pension, fixée entre 30 % et 50 % du salaire annuel moyen selon le degré d’incapacité.
| Type d’arrêt | Durée maximale d’indemnisation | Plafond quotidien IJ (brut) | Traitement fiscal des IJ |
|---|---|---|---|
| Maladie non professionnelle | 360 jours sur 3 ans | 41,95 € | Imposables |
| Affection de Longue Durée (ALD) | jusqu’à 3 ans | 41,95 € | Exonérées d’impôt |
Un exemple : Julie, salariée dans une entreprise de service, a un arrêt maladie de 5 mois. Son salaire moyen brut mensuel est de 2 400 €. Elle percevra donc des IJ égales à 50 % de son salaire journalier moyen, plafonnées selon les règles actuelles, pendant une durée maximale de 360 jours.
Rôle de l’employeur et nature des indemnités complémentaires en cas d’arrêt maladie prolongé
Au-delà des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, l’employeur peut compléter les revenus du salarié en arrêt maladie, garantissant une stabilité financière plus importante. Ces indemnités complémentaires peuvent être légalement imposées ou résulter des régimes collectifs de prévoyance ou de conventions collectives.
Complément légal obligatoire de l’employeur
Selon le Code du travail, après un délai de carence obligatoire de 7 jours, l’employeur verse au salarié un complément de salaire qui, combiné aux IJ versées par la CPAM, peut atteindre jusqu’à 90 % du salaire brut de référence. Cette obligation dépend souvent de l’ancienneté dans l’entreprise – par exemple, un minimum de 1 an est fréquemment requis.
Régimes de prévoyance et conventions collectives
Par ailleurs, de nombreuses entreprises proposent un dispositif de prévoyance collective qui peut assurer un maintien de revenus plus large, parfois jusqu’à 100 % du salaire net ou brut. Ces contrats varient selon la taille de l’entreprise, sa politique interne et les accords syndicaux. Le régime de prévoyance intervient souvent après l’épuisement des indemnités journalières de la Sécurité sociale ou en complément.
- Ces régimes garantissent des versements mensuels fixes ou variables,
- Incluent parfois une prise en charge des frais médicaux annexes non couverts par la Sécurité sociale,
- Peuvent prévoir des indemnités supérieures en cas d’invalidité partielle ou totale.
Cette complémentarité est cruciale pour éviter une perte significative de revenus, notamment pour les salariés cadres ou ceux aux revenus élevés, souvent plafonnés strictement par les IJ de la Sécurité sociale. Une bonne connaissance de ces dispositifs peut donc s’avérer déterminante pour le salarié en arrêt de longue durée.
Aspects spécifiques des arrêts maladie dans la fonction publique et dispositif de prévoyance individuelle
Les fonctionnaires bénéficient de règles distinctes en matière d’indemnisation lors de congés maladie, qu’il s’agisse d’arrêts courts ou de longue durée. Ces spécificités répondent au statut particulier des agents publics et à leurs conditions d’emploi.
Congé maladie ordinaire et longue maladie dans la fonction publique
Le congé maladie ordinaire (CMO) concerne les fonctionnaires justifiant d’au moins 4 mois d’ancienneté. Le traitement est maintenu à hauteur de 90 % pendant les 3 premiers mois, puis de 50 % ensuite. Cette réduction est compensée si le montant devient inférieur aux indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, grâce à un complément différentiel, assurant ainsi un revenu minimal équivalent à celui d’un salarié privé.
Les congés longue maladie (CLM) permettent une indemnisation jusqu’à 3 ans. Pendant la première année, le traitement indiciaire est maintenu à 100 %, puis il passe à 50 % (ou 60 % en fonction publique d’État) pour les deux années suivantes.
Congé longue durée et perspectives après 3 ans
Pour des pathologies particulièrement graves telles que certains cancers, tuberculose ou maladies mentales, le CLM peut être prolongé en congé longue durée (CLD) jusqu’à 5 ans. Le traitement est alors maintenu à 100 % pendant 3 ans et 50 % pour les 2 années restantes. En cas d’incapacité prolongée, un fonctionnaire peut être mis en retraite anticipée, avec une pension minimale équivalente à 50 % du traitement, sous réserve d’un minimum de 15 ans de service.
| Type congé | Durée maximale | Montant de l’indemnisation | Conditions |
|---|---|---|---|
| CMO | 1 an | 90 % du traitement (3 mois), puis 50 % | 4 mois d’ancienneté min. |
| CLM | 3 ans | 100 % (1ère année), puis 50 % | Affection longue durée |
| CLD | 5 ans | 100 % (3 ans), puis 50 % (2 ans) | Maladies graves spécifiques |
La prévoyance individuelle en complément des dispositifs publics
Au-delà des dispositifs publics, il est possible de souscrire une prévoyance individuelle, particulièrement recommandée dans les secteurs privé et public. Cette assurance autonome, proposée par des mutuelles ou assurances, assure des indemnités journalières supplémentaires et une rente d’invalidité en cas d’incapacité prolongée.
- Les contrats varient en fonction du capital garanti et de la durée du versement des indemnités,
- Intègrent souvent une garantie « invalidité » complétant l’assurance décès,
- Permettent une adaptation des prestations en fonction de la profession et du risque personnel.
Cette complémentarité s’avère essentielle si les indemnités classiques ne couvrent pas suffisamment les besoins financiers durant un arrêt maladie. Il est conseillé d’examiner attentivement les propositions avant souscription, car elles ont un impact direct sur le niveau de vie du souscripteur en cas d’incapacité ou d’arrêt long.
FAQ essentielle sur l’indemnisation des arrêts de travail en cas de maladie non professionnelle
Quels sont les principaux délais à respecter pour déclarer un arrêt maladie ?
L’employeur doit être averti dans les 24 heures, et la déclaration auprès de la caisse d’Assurance maladie doit s’effectuer dans les 48 heures suivant l’arrêt pour que le salarié puisse prétendre aux indemnités journalières.
Un salarié peut-il percevoir des indemnités journalières dès le premier jour d’arrêt ?
Le délai légal de carence est de 3 jours dans le régime général, hors dispositions spécifiques des conventions collectives qui peuvent le supprimer.
Quelle est la durée maximale d’indemnisation des arrêts maladie non professionnels ?
La Sécurité sociale limite cette durée à 360 jours sur une période de 3 ans, sauf pour les maladies longues (ALD) où ce plafond est porté à 3 ans.
Comment est calculé le montant des indemnités journalières ?
Les IJ correspondent à 50 % du salaire moyen journalier brut des trois mois précédant l’arrêt, avec un plafond fixé à 1,4 fois le Smic mensuel en vigueur.
Comment la fonction publique indemnise-t-elle ses agents en arrêt maladie ?
Les fonctionnaires bénéficient d’un maintien de salaire à 90 % pendant 3 mois pour un congé maladie ordinaire, puis 50 %. En cas de congé longue maladie, ils peuvent être indemnisés jusqu’à 3 ou 5 ans selon la gravité de la pathologie.